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CRISPRCas9实验设计方法主要包括以下步骤和原则确定靶基因及靶位点在目标基因中选定需要编辑的区域，通常选择对基因功能有重要影响的区域，如编码区启动子等设计sgRNA长度确保sgRNA的长度为20nt碱基组成sgRNA序列应位于PAM序列前，避免以4个以上的T结尾，GC含量保持在30%70%匹配度sgRNA。

另一个网站允许用户输入基因名称邮箱和第二外显子序列，网站将设计出sgRNA序列这通常是一个推荐选项，因为网站可以预测脱靶位点，避免基因脱靶问题另一个网站也是一个常用且好用的sgRNA设计网站赛思基因致力于提供全面的遗传转化技术解决方案，通过CRISPR。

选取上图中序列作为sgRNA的靶序列，在sgRNA设计网站输入靶基因信息和设计相关信息常用的sgRNA设计网站包括CRISPORGPP Web PortalECRISPCHOPCHOP等此处选择CRISPOR进行sgRNA设计，输入靶序列，选定基因对应的物种信息和Cas9和PAM种类后点击提交，得到sgRNA序列和相关信息sgRNA脱靶分析网站生成多个备。